RNA提取原理
RNA提取原理用Trizol的溶液提取,将总RNA与DNA和蛋白质分离。Trizol是一种酸性溶液,含有硫氰酸胍(GITC)、苯酚和氯仿。GITC不可逆地使蛋白质和RNase变性。随后进行离心。在酸性条件下,总RNA保留在上层水相中,而大部分DNA和蛋白质保留在中间相或下层有机相中。然后通过用异丙醇沉淀回收总RNA。RNase酶可以通过加入吡咯碳酸二乙酯(DEPC)来灭活。
RNA提取时,加氯仿后分三层:水相(含rna,可能还有少量DNA),中间白色薄层(应该是蛋白和DNA),下层有机相(氯仿和蛋白等)
氯仿是分子量比较大的有机溶剂,在提取RNA时,氯仿可以有效的使有机相和无机相迅速分离。DNA提取过程 有机相中主要是酚和蛋白结合,从而使得蛋白和DNA脱离,DNA进入水相。但是在RNA的提取过程就要避免蛋白和DNA脱离,否则DNA会释放到水相。不管有酚也好,没有酚也好,氯仿本身也对蛋白有变性作用,剧烈的震荡,很容易使得DNA的亲水基团,与水相接触。所以不要剧烈震荡。
异丙醇的作用是通过-OH的疏水作用使得RNA 或者DNA链中的亲水基团受到保护,等同于沉淀,但是这是个反应时发生在水相中,与前面的氯仿不矛盾。
细胞中还有许多种类和功能不一的小型RNA,像是组成剪接体的snRNA,负责rRNA成型的snoRNA,以及参与RNAi作用的miRNA与siRNA等,可调节基因表达。而其他如I、II型内含子、RNaseP、HDV、核糖体RNA等等都有催化生化反应过程的活性,即具有酶的活性,这类RNA被称为核酶。
在各种生物活动中,RNA起着至关重要的作用。脱氧核糖没有2‘-OH. RNA的2‘-OH中的O(氧原子)可以在氢氧根(水)和氢结合的时候靠近3’碳原子下面的磷酸基团形成包含5个共价键的P(5个P-O)。
RNA和DNA属于核酸,加上脂质、蛋白质和碳水化合物。核糖的2位碳上连有羟基为RNA的一个重要结构特点。这类羟基使得RNA双链的结构应与A型构象最接近,不过,在单链的某些二核苷酸环境下,也有极小的可能形成DNA最常见的B型螺旋构象。